兄・エドワード・エルリック、弟・アルフォンス。2人の若き天才錬金術師は、幼いころ、病気で失った母を甦らせるため禁断の人体錬成を試みる。しかしその代償はあまりにも高すぎた…。錬成は失敗、エドワードはみずからの左足と、ただ一人の肉親・アルフォンスを失ってしまう。かけがえのない弟をこの世に呼び戻すため、エドワードは自身の右腕を代価とすることで、弟の魂を錬成し、鎧に定着させることに成功。そして兄弟は、すべてを取り戻すための長い旅に出る…。
(C)Hiromu Arakawa/SQUARE ENIX機械鎧(オートメイル)の故障により、エンヴィーとラストを前に為す術もなく敗北を喫したエド。そのときアルもまた、自分と同じく鎧に魂を定着させた存在バリー・ザ・チョッパーとの戦闘で耳にした聞き捨てならない言葉により、心に大きな傷を負っていた…。人間の存在定義、兄弟の絆、『賢者の石』をめぐる人ならざる存在の暗躍、そして軍内部に忍び込んだという不穏分子の存在…。過去の紛争を調べていたマース・ヒューズ中佐が気づき、盟友ロイ・マスタング大佐に伝えようとしたこととは!?
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